目的:研究增殖期与消退期婴儿血管瘤(IH)长链非编码RNA(lncRNA)与mRNA的差异表达情况。方法:2019年1-3月在四川大学华西医院小儿外科收集行手术切除治疗的8例IH组织(增殖期与消退期各4例),运用基因芯片技术筛选差异表达(
P < 0.05,差异倍数≥ 1.5)lncRNA和mRNA,并用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术对芯片结果进行验证。同时,应用生物信息学方法,对差异基因进行GO功能和KEGG通路分析,并构建lncRNA-mRNA共表达网络,预测差异lncRNA的顺式作用靶基因。
结果:通过基因芯片技术共筛选出405条差异lncRNA(108条下调,297条上调)与772条差异mRNA(107条下调,665条上调)。qRT-PCR验证4条lncRNA(n335248、ENST00000450864、n333319和n335185)与4条mRNA(EDNRA、IFI6、HK2与ITGA1)的表达,结果与基因芯片检测结果一致。GO与KEGG富集分析发现,差异mRNA主要参与血管凝固、轴突导向、血管生成和细胞黏附等生物过程,差异mRNA主要富集在代谢通路、细胞局部黏附、肌动蛋白细胞骨架调控、白细胞跨内皮迁移、磷脂酰肌醇-3-激酶/丝苏氨酸蛋白激酶等信号通路。lncRNA-mRNA共表达网络由度值≥ 15的23条mRNA和58条lncRNA共同构建组成。结论:增殖期与消退期IH组织中存在大量差异表达的lncRNA和mRNA,这些lncRNA可能通过调控相应的靶mRNA参与IH发生发展。
血管瘤、婴儿、非翻译区、RNA,信使、计算生物学、寡核苷酸序列分析、长链非编码RNA
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国家自然科学基金81401606、81400862;四川省科技计划重点研发项目2019YFS0322;四川大学优秀青年学者基金2015SU04A15;四川大学华西医院学科卓越发展1·3·5工程临床研究孵化项目2019HXFH056;National Natural Science Foundation of China81401606, 81400862;Key Project in the Science & Technology Program of Sichuan Province2019YFS0322;Science Foundation for Excellent Youth Scholars of Sichuan University2015SU04A15;The 1·3·5 Project for Disciplines of Excellence-Clinical Research Incubation Project of West China Hospital of Sichuan University2019HXFH056