低深度全基因组测序拷贝数变异检测技术对缺失型X连锁鱼鳞病的检测效力及意义的分析研究

摘要：

目的 探讨低深度全基因组测序技术检测拷贝数变异(CNV)在缺失型X连锁鱼鳞病(XLI)基因诊断及产前诊断中的应用价值和意义.方法 收集2018年在郑州大学第一附属医院行CNV检测的3616例案例资料及7例鱼鳞病患者或家系单基因检测资料.3616例样本包括2891例孕妇产前检测样本(主要为羊水,部分为胎儿绒毛,极少数为脐血样本)和725例其他受试者的外周血检测样本.分别提取羊水细胞和外周血等基因组DNA,应用低深度全基因组测序CNV检测技术(CNV-Seq)检测受试者DNA.定量PCR(qPCR)及单核苷酸多态性(SNP)-比较基因组杂交(CGH)微阵列法验证CNV-Seq检出的CNV.参考人群多态性数据库DGV、病例数据库DECIPHER、基因剂量效应数据库ClinGen、人类孟德尔遗传在线数据库OMIM等分析检出的CNV致病性.结果 3616例CNV检测案例中,6例孕妇产前检测样本存在Xp22.31缺失,包括5例男性胎儿和1例女性胎儿.检出的Xp22.31缺失片段覆盖XLI(主效基因STS)区域.经胎儿父母CNV验证,其中2例为自发突变,4例为父源或母源遗传.qPCR验证此6例胎儿,其中1例女性胎儿为STS基因完全杂合缺失携带者,5例男性胎儿STS基因完全缺失.SNP-CGH微阵列法验证1例女性胎儿杂合Xp22.31缺失携带者,结果与CNV检测结果一致.7例鱼鳞病患者进行鱼鳞病基因panel检测显示,丑角样鱼鳞病1例,寻常型鱼鳞病2例,XLI 3例,未找到致病基因突变1例.对其中2例缺失型XLI患者进行CNV检测显示,存在Xp22.31缺失.此外,3616例CNV测序案例中发现16例存在Xp22.31重复,但均为正常表型个体或胎儿.结论 CNV-Seq检测技术稳定可靠,能够筛查全基因组范围内的CNVs,可用于缺失型XLI的基因诊断及产前诊断.包含STS基因的Xp22.31片段缺失可导致XLI,而含STS基因的Xp22.31片段重复为多态性变异可能性大.

关键词：鳞癣、X染色体连锁、DNA拷贝数变异、基因缺失、序列分析、DNA、产前诊断、Xp22.31缺失

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资助基金：国家重点研发计划子课题2018YFC1002206-2;郑州大学第一附属医院院内青年创新基金项目YNQN2017008National Key Research Program of China2018YFC1002206-2;Youth Innovation Fund of The First Affiliated Hospital of Zhengzhou UniversityYNQN2017008

在线出版日期：2019-11-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：736-742