基于全基因组重测序的油莎豆InDel位点鉴定及分子标记开发

摘要：

选取4种不同类型油莎豆种质资源进行全基因组重测序,以此全基因组水平鉴定油莎豆的InDel位点,并根据多态性InDel位点序列信息开发有效的分子标记.基于重测序数据与油莎豆参考基因组的序列比对,利用GATK和SAMtools软件共鉴定到321 271个InDel位点,在油莎豆各个scaffold上呈现高密度分布,其中93％以上位点呈现出杂合类型.通过4种油莎豆种质间InDel位点的多态性分析,发现98％的InDel位点不具有多态性,最终鉴定出6 036个多态性InDel位点.基于多态性InDel位点的插入/缺失序列长度分析,筛选出829个插入/缺失序列长度大于20 bp的多态性InDel位点,适用于开发可通过琼脂糖凝胶电泳检测的InDel分子标记.选择8个多态性位点进行InDel分子标记开发和琼脂糖凝胶电泳检验,结果表明,鉴定的多态性InDel位点真实可靠以及开发的InDel分子标记合适可用.本研究利用不同类型油莎豆种质鉴定出大量的多态性InDel位点,能够开发出适合、准确、有效的InDel分子标记,极大地丰富了油莎豆的分子标记资源,为油莎豆种质资源更加精确的评价、鉴定和利用提供可靠的技术支撑.

关键词：油莎豆、种质资源、全基因组重测序、InDel位点、分子标记

所属期刊栏目：43

分类号：S565.9(经济作物)

资助基金：河南省重大科技专项;河南省科技攻关项目;河南省科技攻关项目;河南省科技攻关项目

在线出版日期：2024-09-26（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：52-59