中国古老月季"月月粉"的叶绿体基因组密码子偏好性分析

摘要：

本研究基于"月月粉"月季叶绿体全基因组图谱,对其密码子偏好性进行分析.结果表明,月季的叶绿体基因组总长为156591 bp,具有典型的四分体结构.共筛选到49条基因序列用于密码子偏好性分析,GC1,GC2,GC3的平均值分别为47.74,39.38,29.16,密码子第一位的GC含量最大,第三位的最小,具有明显的差异;有效密码子数(ENC)与第三位密码子的GC含量显著相关;中性绘图结果说明GC3与GC12的相关性不显著,且密码子的偏好性受自然选择的影响;ENC-plot及ENC比值频数分布结果表明,大多数基因的ENC值低于预期值,大多数基因位于-0.05～0.05区间外,说明大部分基因受到了突变的影响;同义密码子相对使用度(RSCU)分析表明,RSCU值大于1的密码子大多数以A/U结尾,同时选取RSCU值大于1且ΔRSCU值大于等于0.08的密码子作为最优密码子,即UUU、CUU、AUA、CAU、GAU、UCA、ACA、CGA、AGU、AGA、CGA,共计11个最优密码子,且这11个最优密码子均以A和U结尾.

关键词：月季、叶绿体基因组、密码子偏好性、最优密码子

所属期刊栏目：42

分类号：S685.12(观赏园艺（花卉和观赏树木）)

资助基金：江苏省种业振兴揭榜挂帅项目;苏州农业职业技术学院博士提升计划科研启动基金项目;江苏省林业科技创新与推广项目;中央财政林业改革发展资金项目;苏州市科技计划农业科技创新面上项目;四川省自然科学基金

在线出版日期：2023-03-31（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：58-64,109