阔叶猕猴桃叶绿体基因组特征及密码子偏好性分析

摘要：

从NCBI中下载阔叶猕猴桃全基因组数据,从中筛选出叶绿体基因组数据后,完成叶绿体基因组拼接组装,并对其进行叶绿体基因组SSR分析、聚类分析及密码子偏好性分析.注释结果显示,阔叶猕猴桃叶绿体基因组全长155964 bp,平均GC含量37.30％,SSC、LSC和IR区长度分别为20496 bp、88564 bp和23452 bp;注释得到117种功能基因,其中包括83种蛋白质编码基因,4种核糖体rRNA基因和30种tRNA基因.SSR分析结果共发现36个SSR位点,其中单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸重复单元数目分别为34、1和1,且大部分都偏向于A/T碱基组成.聚类分析表明,阔叶猕猴桃与其他品种遗传距离较远,被单独聚为一支.密码子偏好性分析显示,阔叶猕猴桃叶绿体基因组密码子使用模式主要受到自然选择和突变2个因素的影响,最优密码子多以A或T碱基结尾.

关键词：阔叶猕猴桃、叶绿体基因组、聚类分析、密码子偏好性

所属期刊栏目：39

分类号：S663.4(果树园艺)

资助基金：贵州省落叶果树特色种质资源收集保存和创新利用;猕猴桃品种资源的引进、收集和评价;猕猴桃溃疡病抗性材料筛选及抗病性评价指标初步研究;贵州山地特色果树资源评价与应用创新平台;火龙果耐低温种质收集及相关生理机制研究

在线出版日期：2020-06-17（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：13-19