非特异性间质性肺炎相关基因筛选和生物信息学分析

摘要：

目的:通过生物信息学的方法筛选非特异性间质性肺炎(nonspecific interstitial pneumonia, NSIP)的致病基因，为进一步研究提供靶点。方法:从GEO数据库下载基因芯片数据集GSE110147、GSE21369、GSE40839，使用limma包分析工具筛选正常组织与NSIP的差异表达基因。通过clusterProfiler包对差异表达基因进行GO分析和KEGG通路富集分析，找到NSIP发病过程中差异表达基因主要参与的生物功能及其集中的信号通路。利用STRING数据库和CYTOSCAPE软件构建蛋白相互作用网络，使用MCODE软件提取蛋白相互作用网络中的子网络模块。结果:3个数据集的差异表达基因做韦恩图得到3个共同差异表达基因。GO富集分析表明NSIP中上调的差异表达基因主要影响RNA剪接、抗病毒感染、对肽的细胞反应等相关的生物过程，富集的分子主要参与细胞组分的囊腔合成分泌、剪接复合体，富集的分子功能主要参与ATP酶活性，受体配体活性及DNA结合转录激活因子活性。NSIP中下调的蛋白主要涉及转移酶活性调节的生物过程。KEGG通路分析表明NSIP中上调的差异表达基因主要参与PI3K-Akt、人类乳头瘤病毒感染及MAPK等信号通路。结论:利用生物信息学筛选出差异表达基因，可能是NSIP发病机制的新靶点，对诊断治疗NSIP具有临床意义。

关键词：非特异性间质性肺炎、差异表达基因、生物信息学

所属期刊栏目：15

分类号：R563(呼吸系及胸部疾病)

资助基金：国家自然科学基金资助项目82002446

在线出版日期：2022-08-23（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：306-310