基于公共数据库挖掘肝细胞癌预后相关的长链非编码RNA分子标签

摘要：

目的 通过对癌症和肿瘤基因图谱(TCGA)公共数据库中肝细胞癌病例癌和癌旁组织RNA测序数据的分析,挖掘与肝细胞癌预后相关的长链非编码RNA (lncRNA)分子标签.方法 截至2018年2月,从TCGA数据库中获得377例肝细胞癌病例的癌及癌旁组织RNAseq数据及临床预后信息,将50对癌和癌旁组织的lncRNA表达水平进行差异t检验分析,进而采用LASSO Cox回归分析筛选肝细胞癌预后相关的lncRNA,并构建lncRNA分子标签.将所有病例按分子标签表达水平分为4组(＜P25、P25～、P50～、≥P75),采用Cox回归计算P25～、P50～、≥P75组相对于＜P25组的预后风险比,进而评估分子标签表达水平对肝细胞癌病例总体生存率的影响.结果 筛选出951个癌和癌旁组织中表达水平有统计学意义差异的lncRNA,通过LASSO Cox回归分析进一步筛选出3个lncRNA(LNCSRLR、MKLN1-AS及ZFPM2-AS1),并构建分子标签.分子标签表达水平≥P75组的死亡风险是＜P25组的1.57倍(95％CI:1.06～ 2.31,P＜0.05).结论 通过对TCGA数据库的挖掘,由LNCSRLR、MKLN1-AS及ZFPM2-AS1构建的lncRNA分子标签表达水平与肝细胞癌病例的预后有关.

关键词：肝细胞肿瘤、分子标签

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资助基金：国家自然科学基金81773520;湖北省自然科学基金2017CFB648National Natural Science Foundation of China81773520;Natural Science Foundation of Hubei Province2017CFB648

在线出版日期：2019-08-27（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：805-809