CRISPR1上游侧翼序列用于大肠埃希菌和志贺菌鉴定的效果评价

摘要：

目的 探讨基于成簇规律间隔的短回文重复序列(CRISPR)4上游侧翼序列对大肠埃希菌和志贺菌鉴定和评价效果.方法 通过BLAST重复序列识别并获得全基因组测序大肠埃希菌和志贺菌的CRISPRs和CRISPR相关基因(CRISPR-associated,cas),并分析其种系;选取CRISPRs上、下游各500 bp侧翼序列,使用C1ustalX进行序列比对;采用PCR方法扩增CRISPR1上游侧翼序列,以确定其对大肠埃希菌和志贺菌鉴定和评价效果.结果 73.4％(149/203)的大肠埃希菌存在I-E型CRISPR/Cas系统,包含了A、B1、D种系;8.4％(17/203)的大肠埃希菌存在I-F型CRISPR/Cas、17.2％ (35/203)的大肠埃希菌不存在CRISPR/Cas,这2种大肠埃希菌均属于B2种系;9株志贺菌均存在I-E型CRISPR/Cas.在大肠埃希菌(B2种系外)、志贺菌CRISPR1上游和大肠埃希菌(B2种系)各存在61 bp侧翼序列,序列一致性为99％,且有种属特异性,PCR扩增此区域鉴定大肠埃希菌和志贺菌的灵敏度和特异度均＞91％.结论 基于CRISPR1上游序列可用来鉴定大肠埃希菌和志贺菌,且具有很好的效果.

关键词：大肠埃希菌、志贺菌、成簇规律间隔的短回文重复序列、侧翼序列、鉴定

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资助基金：国家重大科技专项2013ZX10004607;新乡医学院分子诊断与医学检验技术河南省协同创新中心XTCX-2015-PY4;新乡医学院博士启动课题XYBSKYZZ201805National Science and Technology Major Project of China2013ZX10004607;Henan Innovation Center of Molecular Diagnosis and Laboratory MedicineXTCX-2015-PY4;Doctor Initiated Project Xinxiang Medical UniversityXYBSKYZZ201805

在线出版日期：2019-01-19（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：1607-1610