基于CRISPR/Cas的大肠埃希菌分子标志物的监测研究

摘要：

目的 探讨基于CRISPR/Cas的大肠埃希菌分子标志物的监测研究.方法 通过BLAST收集GenBank数据库中135株全基因组测序大肠埃希菌、203株鸟枪法测序大肠埃希菌的CRISPR/Cas和PCR扩增、测序获得本实验室保存361株大肠埃希菌(包括38株大肠埃希菌O157:H7)的CRISPR序列,应用CRISPR Finder在线软件分析CRISPR特征、DNAMAN软件进行间隔序列的比对,使用Clustal X进行cas多序列比对和Mega 5.1软件构建系统进化树.结果 本研究以全新的视角对大肠埃希菌的CRISPR/Cas位置进行描述;结果显示,135株全基因组测序、203株鸟枪法测序和361株本实验室测序的大肠埃希菌中分别有77.04％、100.00％和75.62％的大肠埃希菌具有CRISPR1,分别有74.81％、100.00％和92.24％的大肠埃希菌具有CRISPR2,分别有11.85％、0和1.39％的大肠埃希菌具有CRISPR3和CRISPR4;GenBank数据库下载的全基因组测序的1株和本实验室测序的2株大肠埃希菌存在4个CRISPR位点;缺少cas的CRISPR1下游有插入序列存在.在699株大肠埃希菌中,8株O55:H7、180株O157:H7、8株O157:HNM、40株O104:H4、4株O145:H28有独特的CRISPR;间隔序列的缺失可发生在CRISPR中间;依据I-E和I-F的cas构建系统发育树,均可分为两类.结论 大肠埃希菌的CRISPR/Cas可能作为鉴定强毒株大肠埃希菌或者新型菌株的分子标志物.间隔序列的缺失或获得可能与噬菌体有关.

关键词：大肠埃希菌、成簇的规律间隔短回文重复序列、分子标志物

所属期刊栏目：37

分类号：R373.2;S852.6;Q936

在线出版日期：2016-09-22（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：1080-1086