云南省2009年埃可病毒6型分离株KM57-09全基因序列分析

摘要：

目的 对云南埃可病毒6型(Echo6)分离株KM57-09全基因序列进行分析和研究,了解其遗传特性.方法 设计针对Echo6引物,提取病毒RNA、RT-PCR扩增和产物直接测序获得序列.利用Mega 5.05、RDP 3和SimPlot 3.5.1等生物学软件分析全基因序列.结果 获得KM57-09全基因组核苷酸序列长度为7419 bp,编码含2191个氨基酸残基的多聚蛋白；与其他Echo6参考株核苷酸和氨基酸同源性分别为79.3％ ～ 80.2％和93.3％～ 94.4％,与原型株D” Amor核苷酸和氨基酸同源性分别为79.3％和93 6％.在基因组各个区段上,Echo6KM57-09分离株的2C和3A区,与HN-2-E25核苷酸同源性最高,分别为86.3％和85.0％,而其5”UTR、VP4、3D和3”UTR区则与CoxB5-Henan-2010核苷酸同源性最高,分别为91.7％、81.2％、89.7％和96.9％.在VP1区上,与中国其他省份分离株的核苷酸和氨基酸同源性分别为80.0％～96.0％和95.8％～ 99.0％,而与其他国家分离株的核苷酸和氨基酸同源性分别为77.6％ ～ 96.0％和95.2％ ～ 99.0％.进化分析发现Echo6可分为5个分支,中国分离株分属C和E分支,其中KM57 09属于E分支,且5个分支之间核苷酸的差异为15.6％ ～23.3％.3D基因序列种系进化分析以及RDP3和SimPlot 3.5.1软件分析发现KM57-09序列在非结构区可能存在重组.结论 Echo6可分为5个基因型,KM57- 09分离株属于E基因型；中国大陆曾存在不同 Echo6株传播链的流行.

关键词：埃可病毒6型、全基因组、序列分析

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在线出版日期：2013-01-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：951-955