中国艾滋病病毒1型AE循环重组型毒株env基因的变异和进化分析

摘要：

目的研究中国艾滋病病毒1型(HIV-1)AE循环重组型(CRF01-AE)毒株env不同基因区序列变异的特点及其与进化压力的关系.方法应用巢式聚合酶链反应(nested-PCR)对从全国部分省收集来的HIV-1感染者血液样本中的HIV-1 外膜蛋白(env)基因进行扩增和亚型鉴定后,选择34份CRF01-AE重组型HIV-1毒株env基因V3～V4区及其邻近区域的序列进行系统进化树和氨基酸变异分析,并计算和分析氨基酸同义替换(Ks)值和非同义替换(Ka)值及Ks/Ka比值.结果基因系统树显示中国的34份样本CRF01-AE重组型毒株与我国代表株AE.97CNGX2F和泰国代表株AE.CM240、AE.93TH253聚集在一起.氨基酸替换主要发生在C3和V4区,而V3区和V3上游区氨基酸序列相对保守,糖基化位点也比较保守.V3环顶端四肽以GPGQ为主(87.50%).大部分毒株的第306和320位点上没有出现带正电荷的氨基酸.整个V3～V4区的Ks值显著高于Ka值(P＜0.001),且Ks/Ka比值显著高于1(P＜0.001),只有V4区Ks/Ka比值显著低于1(P＜0.01).结论目前多数流行于中国的CRF01-AE重组型HIV-1毒株具有较高的同源性,在进化上关系密切.氨基酸替换主要发生在C3和V4区,而不是V3区.由于大部分毒株的第306和320位点上没有出现带正电荷的氨基酸,推测这些毒株为不引起细胞融合的NSI型,其V3～V4区序列的变异主要受到功能性的限制而与正向选择压力无密切关系,但其中V4区的变异与正向选择压力有关.

关键词：人类免疫缺陷病毒、基因、变异、进化、分子

所属期刊栏目：24

分类号：R37(医学微生物学（病原细菌学、病原微生物学）)

资助基金：科技部基础性工作项目120;国家重点基础研究发展计划973计划G1999054107

在线出版日期：2004-01-02（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：966-970