实时荧光环介导等温扩增检测毛癣菌属方法的建立

摘要：

目的 建立实时荧光环介导等温扩增(Real-time Loop-mediated Isothermal Amplification,LAMP)技术检测皮肤癣的方法,实现皮肤癣菌病的快速实验室诊断.方法 通过在NCBI官网查找下载皮肤癣菌中毛癣菌属、小孢子菌属和表皮癣菌属临床分离率较高的菌种rRNA序列(18S rRNA,ITS1,5.8S rRNA,ITS2和28S rRNA),运用DNASTAR Lasergene软件进行分析比对,寻找出毛癣菌属内高度保守的靶序列,且该段靶序列要与其他属存在差异,运用Primer Explorer V5设计LAMP引物.提取须癣毛癣菌NBRC6202基因组DNA作为模板筛选引物以及建立LAMP检测毛癣菌属的反应体系,以红色毛癣菌ATCC28188基因组DNA作为模板测试其敏感性和稳定性,以毛癣菌属以外的其他真菌、细菌基因组DNA验证LAMP反应体系的特异性.结果 筛选的4套引物里,primer2的扩增效果较好,可在22 min检测出须癣毛癣菌,且可以特异地检测出红色毛癣菌、指间毛癣菌、疣状毛癣菌、许兰毛癣菌、紫色毛癣菌.本研究建立的毛癣菌属RT-LAMP检测方法的最低检测限为1 pg/μL;在10000 pg/μL、100 pg/μL和1 pg/μL三个浓度的分别10次重复检测实验中平均CT值和CV％分别为9.24±0.30,3.29％、10.57±0.54,5.12％、15.95±0.52,3.24％.结论 实验建立的毛癣菌属LAMP检测方法在特异性、敏感性和稳定性三方面均表现出优越的性能,能快速准确地检测出毛癣菌属常见菌种,具有良好的临床应用前景.

关键词：实时荧光环介导等温扩增、皮肤癣菌、毛癣菌属、快速鉴定

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资助基金：国家自然科学基金青年项目;广州市卫生健康科技一般引导项目

在线出版日期：2020-12-17（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：211-216