基于生物信息学的胃肠道间质瘤低级至高级转变的潜在关键基因与信号通路研究

摘要：

背景 与目的 胃肠道间质瘤(Gastrointestinal Stromal Tumors,GIST)是一类起源于胃肠道间叶组织的肿瘤,其术后复发和转移率较高,但其机制仍不祥.因此,我们通过生物信息学方法,从分子水平探索和鉴定与GIST进展相关的驱动基因和信号通路,从而揭示GIST的恶性进展机制.方法 首选,我们从GEO数据库中下载GSE136755基因芯片数据,利用R语言的Limma包筛选出恶性GIST患者(转移性和高危GIST)和恶性程度较低的GIST患者(低和极低风险GIST)之间共同表达的差异基因.然后用这些差异基因进行GO和KEGG信号通路富集分析,构建蛋白质互作网络并预测其转录因子.最后,我们通过cytoHubba筛选出重要模块基因,筛选出Degree前10的基因,并将其作为与GIST的恶性进展相关的潜在关键分子.结果 753个差异基因(378个基因上调,375个基因下调,筛选标准为调整后的P<0.05和|logFC|≥1)被筛选出来.这个差异基因的GO和KEGG信号通路富集分析结果显示,差异基因分别富集在13条生物过程条目和34条细胞信号通路.同时,PPI网络模块构建出635个基因,6个转录因子被预测到.最后,10个重要模块基因(CDK1,CCNB1,KIF11,KIF20A,KIF2C,CCNA2,KIF4A,BUB1,AURKA,KIF15)可能是GIST恶性进展相关的潜在关键分子.结论 本研究所鉴定的差异表达基因和细胞信号通路可促进后人对GIST恶性进展机制的理解,并且可能成为GIST诊断和预防的分子生物标记物,并为改善GIST预后、阻断GIST恶性转变的研究提供新的思路.

关键词：生物信息学、胃肠道间质瘤、关键基因、通路

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资助基金：广西卫生和计划生育委员会自筹科研项目;广西医大青年基金项目;国家自然科学基金项目

在线出版日期：2020-10-23（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：22-26,31