应用二代测序方法检测痰标本中结核分枝杆菌耐药性的探索性研究

摘要：

目的:比较二代测序（NGS）检测方法在痰标本和结核分枝杆菌菌株中耐药性的诊断效能，从而探讨NGS方法检测痰标本耐药性的可行性。方法:本研究属于回顾性研究，收集了北京胸科医院2017年1—12月收治50例肺结核患者的痰标本和相应的临床分离菌株。用NGS方法分别检测痰标本和相应的临床分离菌株
katG、
inhA、
rpoB、
embA、
embB、
rpsL、
rrs、
gyrA、
gyrB、
tlyA的基因突变。采用比例法对菌株进行表型药敏试验（drug susceptibility test，DST）。以DST结果为参考，分别计算临床菌株NGS方法、痰标本NGS方法敏感度、特异度、阳性预测值和阴性预测值，以及与表型DST的一致性统计量（
Kappa）。对于NGS检测在痰标本和菌株样本中的准确性比较用
χ2检验。
结果:在各种突变基因中，
rpoB（63.83%，30/47）与
rrs（57.45%，27/47）最常见，其次是
katG（46.81%，22/47）、
rpsL（29.79%，14/47）、
gyrA（27.66%，13/47）、
embB（21.28%，10/47）、
tlyA（12.77%，6/47）、
gyrB（8.51%，4/47），以及
inhA启动子区（19.15%，9/47）、
embA启动子区（12.77%，6/47）突变。NGS方法与异烟肼、利福平、乙胺丁醇、二线注射类药物（链霉素、卷曲霉素、卡那霉素、阿米卡星）、左氧氟沙星的耐药表型相比，在痰样本中，敏感度分别为85.71%、91.67%、77.78%、81.82%、100.00%、87.50%、100.00%、69.23%，特异度分别为100.00%、94.12%、87.50%、89.47%、97.06%、96.97%、94.29%、89.29%。在菌株样本中，敏感度分别为92.86%、100.00%、81.82%、86.96%、88.89%、80.00%、100.00%、85.71%，特异度分别为100.00%、92.86%、87.10%、94.74%、100.00%、100.00%、97.14%、92.86%。与表型药敏结果相比，在痰标本中，NGS方法对异烟肼、利福平、卷曲霉素、卡那霉素、阿米卡星具有较好的检测效能（
Kappa值≥0.75）；在菌株中，NGS方法对异烟肼、利福平、链霉素、卷曲霉素、卡那霉素，阿米卡星及左氧氟沙星具有较好的检测效能（
Kappa值≥0.75）。以NGS方法检测菌株的准确度为参照，检测的所有药物耐药情况在菌株和痰标本中的准确性差异无统计学意义（
P>0.05）。
结论:本研究表明通过NGS技术检测痰标本及菌株基因型来预测异烟肼、利福平及二线注射类药物（卷曲霉素、卡那霉素、阿米卡星）耐药均具有较好的效能，提示NGS方法直接检测痰标本作为早期耐药检测方法的可行性及潜力。

关键词：结核分枝杆菌、耐药、二代测序、痰标本

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资助基金：国家自然科学基金81401739;北京市优秀人才培养资助项目2018000021469G277;北京市医院管理中心儿科学科协同发展中心专项经费XTCX201806;National Natural Science Foundation of China81401739;Beijing Talent Training Funded Project2018000021469G277;Special Fund of The Pediatric Medical Coordinated Development Center of Beijing Municipal Administration of HospitalsXTCX201806

在线出版日期：2023-05-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：552-559