扩增子测序技术检测石蜡包埋组织标本耐药结核基因的研究

摘要：

目的 用基于多重PCR (multiplex PCR,mPCR)扩增子的二代测序(next-generation sequencing,NGS)技术(mPCR-NGS)检测MTB的耐药基因突变,并评估其检测石蜡包埋组织标本诊断耐药结核病的临床应用价值.方法 选取北京市昌平区结核病防治所2013年4月至2015年10月常规进行了利福平、异烟肼、乙胺丁醇、链霉素、卷曲霉素、卡那霉素、阿米卡星和氧氟沙星比例法检测且具有药敏试验结果的50株MTB临床分离株,包括42株耐药MTB和8株敏感MTB菌株.参考耐药基因数据库及相关文献,针对以上8种抗结核药物主要耐药基因及常见位点设计耐药基因组合,建立有效的检测方案.收集首都医科大学附属北京胸科医院病理科2017年11月至2018年9月耐药结核病患者55例的石蜡包埋组织标本,探针熔解曲线法检测结果为利福平、异烟肼、乙胺丁醇和氟喹诺酮类至少存在一种耐药相关基因突变.首先对已知表型药敏试验结果的MTB临床分离株进行mPCR-NGS检测,验证该方法检测纯菌样本的有效性,再进一步检测结核病患者石蜡包埋组织标本进行临床验证.主要评价指标为敏感度和特异度以及一致性.结果 以比例法为金标准,mPCR-NGS检测利福平、异烟肼、链霉素和乙胺丁醇的敏感度分别为95％ (38/40)、93％(27/29)、93％ (27/29)和72％(13/18),特异度分别为100％(10/10)、95％ (20/21)、100％(21/21)和94％(30/32);二线注射类药物卷曲霉素、卡那霉素和阿米卡星敏感度均为100％ (2/2,3/3,3/3),特异度分别为98％(47/48)、100％(33/33)和100％(47/47);氧氟沙星的敏感度为70％(7/10),特异度为100％(40/40).总符合率为94％,一致性检验Kappa值为0.87.纳入的55例石蜡包埋组织标本经探针熔解曲线法检测,28例利福平耐药,37例异烟肼耐药,13例乙胺丁醇耐药,17例氟喹诺酮类耐药.mPCR-NGS与探针熔解曲线法比较,利福平、异烟肼、乙胺丁醇和氟喹诺酮类的敏感度分别为100％(28/28)、95％(35/37)、100％(13/13)和100％(17/17);特异度均为100％(27/27,18/18,42/42,38/38).两种方法总符合率为99％,一致性检验Kappa值为0.98.结论 mPCR-NGS检测MTB临床分离株及结核病患者石蜡包埋组织标本耐药基因突变的敏感度、特异度和符合率较高,有望成为耐药结核病准确、快速的分子病理诊断新技术.

关键词：分枝杆菌、结核、石蜡包埋组织、抗药性、基因测定

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在线出版日期：2020-04-24（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：234-241