一种五联重复序列在分枝杆菌简单序列重复区间分型中的应用研究

摘要：

目的 分析微卫星5联简单重复序列在分枝杆菌基因组中的分布情况,并评价其简单序列重复区间(ISSR)分型能力,为分枝杆菌的基因分型及流行病学研究提供新的研究工具.方法 实验菌株为17株分枝杆菌菌株和41株MTB临床分离株,17株分枝杆菌菌株包括分枝杆菌标准株15株、MTB临床菌株1株和MTB无毒株(H37Ra)1株.利用MICdb2.0软件分析微卫星数据库收录的分枝杆菌基因组中5联简单重复序列(CAGCG)n的分布特征,并以该序列为基础设计ISSR引物(5'-CAGCGCAGCGCAGCG-3'),用于分枝杆菌种间和种内菌株的基因分型分析.结果 生物信息学分析显示(CAGCG)n在数据库收录的大部分分枝杆菌基因组中均有较高含量,其中在H37Rv、CDC1551、牛分枝杆菌和鸟分枝杆菌基因组中出现的次数分别为40、39、39和33次,且主要分布在编码序列区(分别为39、36、38和30次).ISSR引物对分枝杆菌菌种的基因分型分析显示,15种常见菌种聚为2大簇,第1簇含有2个亚型,第2簇含有4个亚型,种间表现出高度的遗传多样性；ISSR引物对MTB临床菌株的分析结果显示,41株菌株聚为2簇,各簇分别有2个亚型,提示该引物对种内菌株也表现出良好的分辨力.结论 以(CAGCG)n建立的ISSR分型体系,可用于分枝杆菌种间和种内菌株的遗传多样性分析.

关键词：分枝杆菌属、简单序列重复区间分型、变异(遗传学)

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分类号：R543.506(心脏、血管（循环系）疾病)

资助基金：国家科技重大专项项目课题2012ZX10003002-008;上海市科委项目10411955100;11ZR1430200

在线出版日期：2012-11-16（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：592-595