基于生物信息学检测TRIM47基因在肝癌中的表达及意义

摘要：

目的 探讨三结构域蛋白47(TRIM47)基因在肝癌中的表达及其临床意义.方法通过生物信息学方法,利用UALCAN、HPA数据库分析TRIM47在肝癌中的基因表达和蛋白表达.利用Kaplan-Meier生存数据库分析肝癌患者总生存率,评估TRIM47在肝癌患者预后中的价值.利用cBioPortal数据库分析肝癌患者中TRIM47的基因突变频率,以及TRIM47基因突变对肝癌患者总生存率的影响.构建稳定表达TRIM47的肝癌细胞株Hep3B、Huh-7,采用qRT-PCR检测肝癌细胞TRIM47 mRNA,CCK-8法检测其细胞增殖能力.肝癌TRIM47 mRNA相对表达量和增殖能力比较采用秩和检验或t检验.结果UALCAN数据库分析显示肝癌组织中TRIM47 mRNA相对表达量中位数为18.95(10.79,31.81),明显高于正常肝组织中的7.09(5.76,9.61)(P<0.05).HPA数据库分析显示肝癌组织中TRIM47蛋白水平呈高表达,而在正常肝组织中呈低表达.UALCAN数据库分析显示随着肿瘤组织中TRIM47表达水平的升高,患者临床分期、肿瘤分级越差(P<0.05).Kaplan-Meier生存数据库分析显示低表达TRIM47的肝癌患者总体生存期更长(HR=1.59,95％CI:1.12～2.26;P<0.05).cBioPortal数据库分析显示TRIM47在肝癌患者中的基因突变率可达14％,且能明显影响患者总生存率(P=0.0136).Hep3B-TRIM47和Huh-7-TRIM47肝癌细胞TRIM47 mRNA平均相对表达量分别为(4.87±0.14)×10-3、(2.47±0.47)×10-3,明显高于对照组的(0.60±0.08)×10-3、(0.18±0.05)×10-3(t=26.560,4.856;P<0.05).Hep3B-TRIM47和Huh-7-TRIM47肝癌细胞株增殖能力显著增强.结论TRIM47基因可通过促进肝癌细胞增殖影响肝癌患者的预后,TRIM47可能成为预测肝癌患者预后的一种新型标记物.

关键词：癌、肝细胞、细胞增殖、TRIM47基因、计算生物学

所属期刊栏目：10

资助基金：2019年度江门市中心医院科研启动基金资助项目D201902

在线出版日期：2021-02-05（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：98-103