基于生物信息学数据库探讨STX6基因在肝细胞癌中的表达及临床意义

摘要：

目的 基于生物信息学数据库探讨突触融合蛋白6(STX6)在肝细胞癌(HCC)中的表达及临床意义.方法 通过BioGPS数据库分析STX6基因在人体正常组织中的表达情况;使用Oncomine数据库检索STX6在常见肿瘤中的表达情况,并对HCC中STX6基因的表达情况进行Meta分析;随后在Kaplan-Meier Plotter数据库中分析STX6表达对HCC患者总生存率(OS)及无进展生存率(PFS)的影响;最后通过String数据库探索与STX6相互作用的蛋白.结果 数据库分析发现,STX6基因在人体各个正常组织包括正常肝组织中均有表达,其中在全血、NK细胞、髓系细胞中含量相对较高.从2002年至今,发现涉及STX6表达差异具有统计学意义的研究共有16项,其中STX6表达增高13项,表达降低3项.8项基因芯片研究显示,HCC组织中STX6表达水平均高于正常肝组织(Fold change=1.510,1.094,1.103,1.124,1.716,1.844,1.269,2.484;P<0.05);对这8项研究进行Meta分析发现,STX6在HCC中表达上调(Median rank=569,P<0.05).STX6高表达组患者的OS和PFS较STX6低表达组明显降低(HR=1.91,1.62;P<0.05).蛋白相互作用网络分析发现,VAMP4、VAMP8、VAMP3、NAPA、VPS51、STX16、STX12、STX5、SNAP23、VTI1A等蛋白与STX6具有明显相互作用,大多数蛋白参与细胞内外及细胞器之间囊泡运输等生理功能.结论 基于肿瘤基因数据库分析发现,STX6在HCC组织中高表达,STX6表达与HCC患者预后相关,高表达患者预后差.

关键词：癌、肝细胞、突触融合蛋白质6、数据库、预后

所属期刊栏目：9

资助基金：广东省自然科学基金;中国博士后科学基金资助项目

在线出版日期：2020-04-01（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：191-195