蛋白指纹图谱技术在骨肉瘤临床诊断中的初步应用

摘要：

目的 比较骨肉瘤患者和正常对照者血清蛋白表达谱的差异,筛选骨肉瘤相关血清蛋白标志物,并建立基于决策树的预测模型,为筛选和建立骨肉瘤临床诊断的血清学指标提供依据.方法 27例骨肉瘤患者血清(男17例,女10例)及47名相匹配者正常对照血清标本随机分为两组:60份(23例骨肉瘤,37名正常对照)为建模组,14份(4例骨肉瘤,10名正常对照)为盲法筛选组.利用表面增强激光解吸离子化-飞行时间-质谱(surface enhanced laser desorption/ionization time of fight mass spectrometry,SELDI-TOF-MS)技术进行蛋白质谱分析.采用蛋白质飞行质谱仪对结合在CM10芯片上的血清蛋白进行读取分析.通过Biomarker Wizard软件比较两组人群血清蛋白质谱的差异,经生物信息学分析得到决策树模型并进行盲法验证.结果 在质荷比(M/Z)1488.15～19842u范围内,共检测到96个有效蛋白峰,其中9个峰差异有统计学意义.利用三倍交叉证实方法对建模组的蛋白质谱数据进行1000次随机抽样,得到1000个决策树.根据交叉证实的正确率选出最佳的20个决策树模型作为最终预测模型.用其对14个盲法筛选样本进行归类预测的正确率为85.71%.结论 应用SELDI-TOF-MS技术可筛选出骨肉瘤相关血清蛋白标志;建立的决策树模型可以对骨肉瘤作出较为准确的预测判断.

关键词：骨肉瘤、血清、肿瘤标记、生物学、蛋白质组

所属期刊栏目：28

分类号：R73(肿瘤学)

资助基金：上海市重点基础科研项目05JC14047

在线出版日期：2008-12-15（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：813-818