人巨细胞病毒临床低传代病毒株D2的UL140基因B细胞表位生物信息学特征

摘要：

目的 探讨广东省妇幼保健院分离鉴定的人巨细胞病毒(HCM V)临床低传代病毒株D2(以下简称为HCMV D2)的UL140基因B细胞表位的生物信息学特征.方法 采用2016年3月至2017年3月,于广东省妇幼保健院新生儿科确诊感染HCM V的10例新生儿新鲜尿液标本中,分离鉴定的HCMV D2为研究材料.采用生物信息学方法,包括隐马尔可夫模型(TMHMM)预测HCMV D2 UL140基因跨膜结构,ExPASy在线序列分析平台预测基因的亲水性、表面可及性、极性、柔韧性及抗原性参数,以及GOR(Garnier-Osguthorpe-Robson)、人工神经网络预测法(HNN)、改进型自我优化预测结构(SOPMA)预测UL140基因二级结构.综合分析上述预测结果 ,并计算UL140基因的氨基酸残基抗原指数(AI),总结UL140基因B细胞表位的生物信息学特征.结果来自广东省妇幼保健院感染HCMV新生儿的HCMV D2 UL140基因的氨基酸包含191个氨基酸残基,相对分子质量为21.5×103,等电点为5.12.UL140基因B细胞表位的生物信息学特征包括:①TMHMM预测UL140基因存在1个跨膜区域,为26-48aa,细胞外区域为1-25aa.②ExPASy在线序列分析平台预测UL140基因的亲水性位于14-22、66-72、76-95、113-125、136-148、55-160、167-176aa;表面可及性位于5-22、50-60、64-96、132-160、167-187aa;极性位于5-22、45-98、103-128、132-187aa;柔韧性位于16-26、75-100、104-113、136-160aa;抗原性位于9-18、53-58、82-88、115-124、136-146、164-187aa.③U L140基因二级结构预测结果为,无规则卷及 β-转角主要位于1-8、13-25、79-95、103-113、153-159aa.④计算UL140基因氨基酸残基的AI较高区域的结果显示,5-10、14-22aa区域的AI较高.结论 HCMV D2 UL140基因B细胞表位,可能位于的区域为5-10、14-22aa或其附近.

关键词：巨细胞病毒、临床病毒株、UL140基因、B细胞表位、婴儿、新生

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分类号：R39;R17

资助基金：国家自然科学基金资助项目81070516;广东省自然科学基金资助项目2015A030313726 , 2016A030313788;广东省科技计划项目2017A020215091National Natural Science Foundation of China81070516;Natural Science Foundation of Guangdong2015A030313726 ,2016A030313788;Guangdong Provincial Science and Technology Plan Projects2017A020215091

在线出版日期：2018-01-18（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：658-662