变应性鼻炎关键基因的生物信息学分析

摘要：

目的:通过对基因表达数据库（GEO）中变应性鼻炎（allergicrhinitis，AR）相关的基因芯片进行生物信息学分析，获得AR的生物标志物。方法:2018年6月至2019年12月，从可公开获得的GEO（http：//www.ncbi.nlm.nih.gov/geo）中下载包括3名健康对照者和6例AR患者的数据（GSE46171）。使用GEO2R在线工具在AR和正常组织之间进行筛查。然后使用生物信息学方法，包括基因本体（geneontology，GO）富集分析，京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，KEGG）信号通路分析和蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络构建，以鉴定AR中的关键基因。同期，武汉大学人民医院耳鼻咽喉头颈外科在手术中收集15例AR患者和15名健康对照者的下鼻甲黏膜组织，用于进一步验证重要的基因和途径，进行实时定量聚合酶链反应。采用SPSS 9.0统计学软件对测量结果进行统计学分析。结果:共选择217个差异基因（differentially expressed genes，DEG），其中112个是下调基因，105个是上调基因。其中表达差异最大的5个上调基因依次为：
KLK7、
TMPRSS11A、
SPRR2C、
TPSAB1及
TXLNGY；表达差异最大的5个下调基因依次为：
XIST、
CTAG1A、
PRB1、
CXCL11及
PRB2。通过在217个DEG之间构建PPI网络，获得的15个hub基因依次为
IFIH1、
CCR2、
CD80、
TLR7、
EIF1AY、
DDX3Y、
RSAD2、
RPS4Y2、
RPS4Y1、
XAF1、
KDM5D、
ZFY、
NLGN4Y、
IFIT5和
DDX60L，这些基因位于基因网络中的枢纽上。以15例AR患者和15名健康对照者的下鼻甲黏膜组织对这15个基因进行验证，结果显示AR患者的
IFIH1、
CCR2、
CD80、
TLR7、
RSAD2、
XAF1、
IFIT5和
DDX60L表达低于健康对照者，
EIF1AY、
DDX3Y、
RPS4Y2、
RPS4Y1、
KDM5D、
ZFY和
NLGN4Y表达高于健康对照者，差异均有统计学意义（
P值均<0.05）。
结论:本研究共发现了217个AR密切相关基因，并通过PPI网络获得15个hub基因，这些基因可能参与了AR的发病过程，有望成为AR新的生物标志物。

关键词：鼻炎，变应性、生物信息学、生物标志物

所属期刊栏目：55

资助基金：国家自然科学基金81371070;National Natural Science Foundation of China81371070

在线出版日期：2023-05-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：458-464