利用高通量转录组测序数据预测喉鳞状细胞癌转录组新长链非编码RNA的初步研究

摘要：

目的 利用链特异性转录组测序(RNA-Seq)技术,通过生物信息学手段,筛选并鉴定喉鳞状细胞癌(鳞癌)患者转录组中新的长链非编码RNA并对其进行差异表达分析,为进一步阐明喉鳞癌发病的分子机制提供基础.方法 选取10例喉鳞癌患者的肿瘤组织并提取RNA,构建链特异性转录组文库,利用高通量测序平台进行测序.滤除低质量数据后进行比对组装,对得到的转录本进行分类和注释,采用优化的长链非编码RNA(long non-coding RNA,LncRNA)识别流程鉴定喉鳞癌转录中新的LncRNA,并对其特征进行分析.结果 建立了一个优化的流程,从10个喉鳞癌转录组中,共发现了134条目前LncRNA数据库中未收录的新的LncRNA,并分析其长度分布、开放阅读框(open reading frame,ORF)长度、表达差异特征.结论 通过高通量测序手段从喉鳞癌转录组中预测得到新的及其差异表达的LncRNA,可能为喉鳞癌LncRNA的生物信息学分析建立一个较好的流程.

关键词：喉肿瘤、癌、鳞状细胞、转录组、RNA、长链非编码、基因表达谱、计算生物学

所属期刊栏目：49

分类号：S513;R739.65;Q78

资助基金：国家自然科学基金;北京市自然科学基金;北京市科技新星计划;北京市教委科技重点项目;北京市优秀博士学位论文指导教师科技项目;首都卫生发展科研专项

在线出版日期：2014-09-04（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：637-642