安徽岳西野生茅苍术叶绿体全基因组测序及系统发育研究

摘要：

基于高通量测序技术获得安徽岳西产野生茅苍术Atractylodes lancea叶绿体全基因组序列,进行叶绿体全基因组结构及特征分析,为研究茅苍术的物种鉴定、遗传多样性分析和资源保护奠定了基础.使用改良的CTAB方法提取茅苍术的DNA;采用高通量测序技术进行测序,利用metaSPAdes进行组装,利用CPGAVAS2进行注释;利用生物信息学方法对茅苍术叶绿体基因组进行重复单元分析、IR边界分析、密码子偏性分析和系统发育树分析.获得茅苍术叶绿体全基因组的全长为153178 bp,包含1个84226 bp的大单拷贝区(large single copy,LSC)和1个18658 bp的小单拷贝区(small single copy,SSC),它们被2个25147 bp的反向重复序列(inverted repeat sequence,IRs)隔开.茅苍术叶绿体基因组的GC量为37.7％,可编码注释124个基因,包含87个蛋白质编码基因、29个tRNA基因和8个rRNA基因.其具有26287个密码子,可编码20种氨基酸.系统进化分析表明,苍术属的植物聚为一个分支结构,其中茅苍术与朝鲜苍术的亲缘关系较近.该研究建立了适宜茅苍术叶绿体基因组的测序方法,丰富了菊科植物的遗传资源,为茅苍术的物种鉴定、遗传多样性分析和资源保护提供了理论参考.

关键词：茅苍术、叶绿体基因组、SSR、密码子偏好性、系统发育分析

所属期刊栏目：48

分类号：S852.65;Q943.2;R378

资助基金：国家重点研发计划;国家自然科学基金;安徽中医药大学药学院研究生培养基金项目

在线出版日期：2023-03-06（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：52-59