裸花紫珠基因组调研及SSR特征分析

摘要：

裸花紫珠是海南省特色黎族药大品种,具有止血散瘀、消炎抗菌之功效.目前,裸花紫珠参考基因组信息缺乏.通过研究裸花紫珠的基因组大小、杂合率及SSR特征,可为裸花紫珠基因组精细测序的文库构建和SSR分子标记的开发提供依据.为此,该研究采用二代测序方法,基于K-mer分析手段来研究裸花紫珠基因组的大小及杂合率,在此基础上采用MISA工具分析其SSR特征.结果 表明,裸花紫珠基因组大小约为822.43 Mb,重复序列比例约71.67％,杂合率约0.85％,基因组的GC量约49.20％.提示裸花紫珠为高杂合、高重复的复杂基因组.通过对基因组序列进行SSR特征分析,共鉴定了206 049个SSR,其中,单、双、三核苷酸重复基序占比较高,共198 993个,占96.57％.在2～6核苷酸重复基序类型中分别是AT/AT,AAT/ATT,AGCC/CTGG,AAAAT/ATTTT,AGATAT/ATATCT的数量最多.该研究为裸花紫珠基因组精细测序的文库构建提供了参考,同时为其SSR分子标记开发和基因资源的保护和利用提供了分子依据.

关键词：裸花紫珠、基因组大小、杂合率、简单重复序列SSR

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资助基金：海南省重大科技计划子课题ZDKJ2016005-03

在线出版日期：2020-11-16（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：3974-3978