灯盏花转录组中SSR位点信息分析及其多态性研究

摘要：

目的:通过对灯盏花转录组中SSR位点信息的分析,设计SSR引物,为开发新的SSR标记奠定了基础.方法:利用MISA工具筛选灯盏花转录组测序获得的52 060条unigenes,对其SSR位点信息进行了分析;Primer3设计SSR引物,随机选取36对引物对13株采自不同地方的灯盏花进行多态性扩增分析.结果:灯盏花转录组搜索到3 639个SSR位点,分布于3 260条unigenes上,SSR位点出现频率是6.99％.其中,二核苷酸重复是主要的类型,占总SSR的34.41％,其次是单核苷酸和三核苷酸重复基元,分别占总SSR的31.41％,30.04％.二核苷酸重复基元中以AT/AT和AC/GT为优势重复基元,占总SSRs的28.71％,三核苷酸重复基元以AAT/ATT为主,占7.94％.随机选取36对引物进行PCR扩增,其中34对(94.44％)扩增出清晰、可重复的条带,19对(52.78％)表现出多态性差异.利用UPGMA作图,将13个材料分为2类.结论:灯盏花转录组中SSR位点出现频率高,类型丰富;大量的SSR为其遗传多样性分析和遗传图谱构建提供了丰富的候选分子标记.

关键词：灯盏花、转录组、SSR信息、多态性

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在线出版日期：2014-07-02（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：1220-1224