基于高通量测序的红豆杉EST-SSRs标记研究

摘要：

目的:利用高通量测序,对红豆杉Taxus cuspidata转录组进行EST-SSRs发掘和研究.方法:提取红豆杉叶片cDNA,应用454 GS FLX Titanium测序,采用Newbler Assembler Software软件对序列(high-quality sequences)进行从头拼接,获得一致性序列(unique sequences).用Simple Sequence Repeat Identification Tool (Perl Script)对一致性序列进行分析,检索SSRs模体；采用PRIMER3设计扩增引物.结果:高通量测序获得红豆杉81 148条ESTs,经拼接得到20 557条unique sequences,从中发现了753个EST-SSRs.依据其邻近序列设计引物,共有519条EST-SSRs获得了扩增引物.在红豆杉EST-SSRs中随机挑选序列构建小样本,克隆测序结果表明87.5％的序列与Sanger测序结果一致.结论:首次获得了红豆杉属EST-SSRs,为红豆杉的种质资源培育、功能基因及基因组差异研究奠定了基础.

关键词：东北红豆杉、EST-SSRs标记、高通量测序、表达序列标签

所属期刊栏目：37

在线出版日期：2013-02-28（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：3728-3733