基于生物信息学分析铁死亡相关lncRNA对肾透明细胞癌组织免疫浸润和患者预后评估的意义

摘要：

目的:采用生物信息学方法探索与肾透明细胞癌(ccRCC)组织中铁死亡相关的lncRNA,并探讨其与免疫细胞浸润及患者预后的相关性,为ccRCC患者提供新的分子靶点.方法:从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载ccRCC的转录本数据和临床数据,利用单样本基因集富集分析(ssGSEA)及相关性分析获得与铁死亡相关的lncRNA;通过单因素和多因素回归分析构建与铁死亡相关的lncRNA特征图,分析其与预后的关系;利用R软件分析铁死亡相关lncRNA与肿瘤免疫细胞浸润和药物敏感性之间的关系.构建铁死亡相关RNA网络,并通过qPCR验证中国人ccRCC组织和癌旁组织(取自2019年12月至2021年03月间在西南医科大学附属医院手术切除8例标本)中关键lncRNA的表达.结果:Kaplan-Meier分析表明,铁死亡评分高的患者总OS率低于铁死亡评分低的患者.单因素和多因素回归分析确定11个ccRCC铁死亡相关lncRNA可评估患者预后,并构建ccRCC患者1、3、5年预后预测列线图.免疫细胞浸润分析表明,铁死亡相关lncRNA与ccRCC免疫细胞浸润密切相关,其中LINC01871、PRKAR1B-AS1和CYTOR是调节肿瘤免疫细胞浸润的关键lncRNA.化疗药物敏感性分析表明,高风险患者对甲氨蝶呤、紫杉醇、顺铂和多柔比星更为敏感.构建的包含3个lncRNA、15个miRNA和15个mRNA的RNA网络中,验证实验显示LINC01871、LINC00472和CYTOR在ccRCC组织中显著上调.结论:通过生物信息学方法获得11个与铁死亡相关的lncRNA,证明其与ccRCC组织免疫细胞浸润、化疗药物敏感性和患者预后相关,为探索ccRCC铁死亡相关lncRNA标志物提供重要参考.

关键词：肾透明细胞癌、铁死亡、lncRNA、标志物、预后、免疫浸润

所属期刊栏目：30

分类号：R37.11;R285(医学微生物学（病原细菌学、病原微生物学）)

资助基金：四川省科研项目;西南医科大学青年基金

在线出版日期：2023-05-25（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共12页

页码：237-248