结合GEO测序数据的网络药理学与分子对接探索大黄缓解神经炎症的作用机制

摘要：

目的:通过GEO测序数据联合网络药理学以及分子对接技术探索大黄缓解神经炎症的潜在作用机制.方法:使用TCMSP、Batman-TCM、PubChem 和 SwissTargetPrediction 数据库筛选大黄的活性成分和靶点.从 GeneCards、CTD 和OMIM数据库获取神经炎症预测靶点.纳入GSE8762数据集的差异基因和GSE160208数据集包含的800个神经炎症相关基因同作为神经炎症预测靶点.把大黄成分靶点和神经炎症预测靶点取交集得到大黄治疗神经炎症潜在靶点,在Cytoscape中构建神经炎症-大黄成分-靶点网络.用Cytoscape中CytoNCA插件筛选出核心靶点,并用"clusterProfiler"R包对全部靶点以及核心靶点功能富集.最后,借助Autodock和PyMOL软件对靶点及其对应活性成分进行分子对接.结果:大黄治疗神经炎症的可能的有效成分有12个,对应的潜在靶点有198个,主要涉及氧化应激表型、神经元死亡过程和肿瘤坏死因子信号通路等.这其中的11个核心靶点,富集了白细胞介素17信号通路、PI3L-Akt信号通路以及甲状腺激素信号通路,且这些核心靶点与对应成分的结合构象中有5个结合构象具有较强结合潜力.结论:大黄可能通过影响氧化应激、炎症过程以及神经元凋亡等生物学过程并调控多个靶点基因表达发挥治疗神经炎症的作用,从而为大黄治疗神经炎症提供了科学依据.

关键词：网络药理学、GEO、分子对接、神经炎症、大黄

所属期刊栏目：43

分类号：R285(中药学)

资助基金：甘肃省中医药管理局中医药科研项目;兰州大学第二医院第二临床医学院萃英学子科研培育计划项目;甘肃省卫生行业计划项目

在线出版日期：2023-05-04（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：617-625