湖北道地药材中潜在抗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)活性成分的计算机虚拟筛选

摘要：

目的:运用计算机虚拟筛选技术寻找湖北道地药材中抗新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的小分子抑制剂.方法:以药材名为关键词,在知网和PubMed数据库中搜索湖北道地药材的主要化学成分,从Pubchem数据库下载相应化合物结构,以新型冠状病毒3CL水解酶蛋白和血管紧张素转换酶Ⅱ(ACE2)为靶点,利用Sybyl软件中蛋白质预处理工具确定活性区域,应用Surflex-dock模块对小分子与靶蛋白进行分子对接,通过Total Score打分函数筛选出活性成分,采用Discovery Studio软件分析结合最好的蛋白复合体的相互作用力.结果:分子对接结果显示苍术苷A、厚朴木脂素C、异鼠李素是与SARS-CoV-23CL水解酶结合最强的3个化学成分,木兰苷B、3,4-O-二咖啡酰奎宁酸、木兰苷D是与ACE2结合最强的3个化学成分,与抑制剂洛匹那韦、利托那韦得分接近,可能为中药苍术、厚朴和菊花抗SARS-CoV-2的潜在活性成分,化合物与蛋白之间的相互作用力以氢键、疏水作用力为主.结论:基于分子对接技术虚拟筛选潜在的抗新型冠状病毒的中药化学成分,为湖北道地药材抗击SARS-CoV-2提供了科学指导与理论依据.

关键词：湖北道地药材、新型冠状病毒、分子对接、活性成分

所属期刊栏目：40

分类号：R285(中药学)

资助基金：湖北省新型肺炎应急科技攻关项目;国家重点研发计划课题

在线出版日期：2020-11-10（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：1799-1804