10.3969/j.issn.1674-5671.2024.04.08
基于单细胞RNA测序技术的肝癌手术前后外周血B细胞基因表达谱研究
目的 探索肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)患者手术前后外周血B细胞基因表达谱的变化.方法 收集2022年9月在广西医科大学附属肿瘤医院行肝切除术治疗的3例HCC患者手术前及手术后的外周血样本,提取外周血单个核细胞(peripheral blood mononuclear cell,PBMC)并进行单细胞 RNA 测序(single-cell RNA sequencing,scRNA-seq).根据测序数据进行B细胞数量分析、上下调基因差异分析、KEGG分析、GSEA-KEGG及GSEA-GO分析和细胞通讯分析,比较手术前后B细胞的动态改变.结果 PBMC经scRNA-seq分析识别出了标记基因为MS4A1、CD79A的细胞簇,即B细胞群.B细胞群重新聚类分析后可分为记忆B(memory B)细胞、初始B(naive B)细胞和浆母细胞(plasmablasts)共3个细胞亚群.与术前组相比,术后组naive B和plasmablasts细胞占比升高,memory B细胞占比降低.手术前后B细胞中共筛选出285个显著差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),其中S100A8、S100A9、IL1R2、MALAT1等152个基因在手术后显著上调(P＜0.05),RPS27A、RPS3A、RPS 12、RPS3等133个基因在手术后显著下调(P＜0.05).KEGG分析发现手术后B细胞中显著下调的DEGs主要富集到核糖体、抗原处理和提呈通路.GSEA-KEGG分析发现手术后B细胞中表达上调的基因集显著富集于癌症中的转录失调、P53信号通路,表达下调的基因集显著富集于核糖体、抗原处理和提呈通路;GSEA-GO分析发现手术后B细胞中表达上调的基因集显著富集于环氧化酶P450途径、信号模式识别受体活性,表达下调的基因集显著富集于免疫球蛋白复合物、T细胞受体复合物.手术后B细胞与T细胞之间的通讯增强,且手术后配体-受体对CD22-PTPRC在B细胞与B细胞、B细胞与Mono细胞之间的通讯概率上调(P＜0.01).无论是手术前还是手术后,CD22信号通路对B细胞与T细胞之间的通讯均具有较强调控能力.结论 HCC患者外周血B细胞基因表达谱在手术前后发生动态变化且与外周血B细胞免疫功能相关,可为研究外周血B细胞的抗肿瘤免疫作用提供新的参考依据.
单细胞RNA测序、B细胞、肝癌、基因表达谱
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R735.7(肿瘤学)
国家自然科学基金82060616
2024-09-09（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
共10页
433-442
