二代测序与分子克隆测序技术在HBV X基因准种变异研究中的应用及差异分析

摘要：

目的 比较二代测序(next-generation sequencing,NGS)和克隆测序(clone-based sequencing,CBS)两种方法检测乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)X基因准种变异位点的差异.方法 在广西肝癌高危人群队列中选择发展成肝癌的病例(A)和无癌的对照(B)各1例为研究对象.自研究对象进入队列起,每半年采集外周血液5 mL,分离血清备用,直至病例A肝癌发病,共收集研究对象血清12份.提取血清HBV DNA并采用巢式PCR法扩增HBV X基因区.PCR产物同时采用NGS和CBS两种方法检测HBV X基因区核苷酸序列,对两种方法获得的突变位点进行比较分析.结果 NGS共检测到HBV X基因区准种40个变异位点和1段插入突变(nt 1649),CBS共检测到41个变异位点和1段插入突变(nt1672～1673).两种方法同时检测到的变异位点有29个,NGS检测到而CBS未检测到的变异位点有11个,NGS未检测到而CBS检测到的变异位点有12个.NGS和CBS两种方法均发现在肝病的进展中突变位点发生波动.结论 在研究HBV碱基变异方面,CBS和NGS发现变异位点的能力相当,CBS发现长片段插入和缺失的能力优于NGS,在实际应用时应根据研究目的选择相应的检测方法.

关键词：乙型肝炎病毒、准种、二代测序、克隆测序、肝细胞癌

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分类号：R512.62(传染病)

资助基金：国家自然科学基金资助项目81660561,81260319;广西高校科学技术研究资助项目KY2015ZD025

在线出版日期：2017-07-06（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：133-138