10.3969/j.issn.1674-3806.2020.01.10
DGKZ基因沉默条件下人骨肉瘤细胞芯片的生物信息学分析
目的 基于生物信息学方法 分析二酰甘油激酶ζ( diacylglycerol kinase zeta,DGKZ)基因沉默的人骨肉瘤细胞芯片并探寻其分子机制.方法 从GEO数据库中获取人骨肉瘤细胞芯片,在R软件中筛选DGKZ沉默处理组与对照组的差异基因(differential expression genes,DEGs);DEGs提交至DAVID数据库进行基因功能与通路富集分析;利用STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白互作网络,寻找网络结构中的核心基因并预测其转录因子.结果 共筛选出368 个DEGs,其中包含105 个上调的基因与263 个下调的基因.GO富集分析结果 表明DEGs主要富集的生物学过程有成骨细胞分化的负调控、血管生成、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的负调控、脂肪细胞分化的正调控、细胞周期和Wnt信号通路;KEGG通路富集分析结果 表明DEGs主要涉及的通路有TGF-β信号转导通路、癌症通路、胰腺癌、致癌病毒、MAPK信号转导通路以及代谢通路. 经STRING数据库与Cytoscape软件找出度值前10的核心基因有SIRT1、EP300、PTGS2、BMP2、HIF1A、RB1、HIST1H2BO、NT5E、H1F0、HIST1H2AC,核心基因通过iRegulon插件预测的转录因子中标准化富集分数最高的是YY1.结论 在DGKZ基因沉默条件下,转录因子YY1及相关靶基因能在骨肉瘤中发挥重要作用.
骨肉瘤、生物信息学、二酰甘油激酶ζ、GEO数据库
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R738(肿瘤学)
原南京军区医药卫生科研基金项目编号:15DX019
2020-04-09（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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42-47
