基于系统生物信息学的鼻咽癌关键预测基因筛选及实验验证

摘要：

目的 基于系统生物信息学分析鼻咽癌样本基因芯片数据,筛选鼻咽癌的潜在预测基因,并对其进行实验验证.方法 通过基因表达综合数据库筛选鼻咽癌数据集,通过limma包进行差异分析,加权基因共表达网络包进行加权基因共表达网络分析,绘制韦恩图寻找共同基因,进行基因本体富集分析及京都基因与基因组百科全书通路分析.通过蛋白质互作网络、LASSO回归及非参数检验,进一步挖掘鼻咽癌的生物标志物.通过实时荧光定量PCR和Western blot对鼻咽癌关键预测基因的mRNA及蛋白表达情况进行检测,验证结果.结果 GSE12452 数据集上调基因共622 个,下调基因共351 个,通过limma分析及加权基因共表达网络分析并交集最终获取116 个交集基因,通过富集分析,生物过程主要包括细胞增殖及调控、细胞间黏附的调节等,富集于Rap1 信号通路、Ras信号通路、肿瘤坏死因子信号通路等通路,经过筛选得到血管生成素2(ANGPT2)、双氧化酶2(DUOX2)、人组织因子Ⅲ(F3)、白细胞介素-15(IL-15)、脂质运载蛋白2、视黄酸受体相关孤儿受体B(RORB)共6 个关键基因,实时荧光定量PCR和Western blot实验证明ANGPT2、IL-15 的mRNA和蛋白在鼻咽癌细胞中高表达,DUOX2、F3、RORB的mRNA和蛋白低表达.结论 ANGPT2、DUOX2、F3、IL-15、RORB为鼻咽癌的潜在预测分子标志物和治疗靶点,其机制可能与Rap1、Ras、肿瘤坏死因子等信号通路有关.

关键词：鼻咽癌、生物信息学分析、基因表达综合数据库、加权基因共表达网络分析、生物标志物、差异表达基因、关键基因

所属期刊栏目：45

分类号：R739.6(肿瘤学)

资助基金：江西省卫生计生委中医药科研课题2018B109

在线出版日期：2023-09-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共11页

页码：597-607