肺动脉高压时肺血管内皮间质转化相关miRNAs网络调控的生物信息学分析

摘要：

目的：探索肺动脉高压( pulmonary hypertension,PH)时肺血管内皮间质转化( EndMT)相关miRNAs及其下游靶点的网络调控。方法利用文献挖掘PH相关基因及End-MT/EMT相关miRNAs。利用Biological General Repository for Interaction Datasets( BioGRID)数据库得到基因相互作用关系。利用生物信息学( DIANA3、Miranda4、PicTar5、Tar-getScan6、miRDB7和microT-CDS8)预测相应miRNAs的靶基因关系,超几何分析预测与肺动脉高压 EndMT 相关 miR-NAs,通过对miRNAs参与功能分区中的情况筛选评分最高的miRNAs并选择部分进行实验验证,利用Cytocape 3软件构建miRNAs与其下游靶点的相互作用网络。结果根据文献挖掘出与PH有关的基因230个,与EndMT/EMT相关miRNAs共189个,对应成熟体322个。其中98个miRNAs可能与PH时EndMT有关。其中,仅有22个miRNAs同时参与了TGF-β/BMP、低氧和炎症3个功能通路,评分最高,分别为 miR-let-7家族、miR-124、miR-130家族、miR-135、miR-144、miR-149、miR-155、miR-16-1、miR-17、miR-181家族、miR-182、miR-200家族、miR-204、miR-205、miR-21、miR-224、miR-27、miR-29家族、miR-301a、miR-31、miR-361和 miR-375。对let-7g、miR-21、miR-124及miR-130家族进行实时荧光定量PCR验证发现其在低氧诱导PH大鼠肺动脉中表达均明显变化。结论利用生物学信息技术从大量 miRNAs中筛选得到的22个miRNAs同时参与TGF-β/BMP、低氧和炎症信号通路,可能与PH时EndMT相关,为后续深入研究PH时EndMT提供了重要的理论依据。

关键词：肺动脉高压、miRNAs、内皮间质转化、网络调控、生物信息学、网络药理、相互作用

所属期刊栏目：32

分类号：R322.12;R318.04;R329.2;R342.2;R394.2;R544(人体形态学)

资助基金：国家自然科学基金资助项目81273512,81473209,91439105,81460010;江西省科技厅青年科学基金20142BAB215035;南昌大学第二附属医院院内课题20142YNQN12018

在线出版日期：2016-09-23（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：1294-1300