基于生物信息学构建阿尔茨海默病内源竞争RNA调控网络

摘要：

目的 探讨阿尔茨海默病(AD)中差异长链非编码RNA(lncRNA)与靶向微RNA(miRNA)、mRNA的相互作用关系及其导致AD的发病机制.方法 在基因表达综合数据库(GEO)中下载数据,筛选出在AD早中晚期存在差异表达的lncRNA和mRNA,运用RegRNA预测lncRNA的靶向miRNA,TargetScan,TargetMiner,miRDB预测miRNA的靶向mRNA,DAVID对mRNA进行富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,Cytoscape进行网络图构建,对差异表达的mRNA进行蛋白质相互作用(PPI)分析并运用Cytoscape找出关键基因.结果 从数据集GSE28146中早中晚差异表达的侯选差异基因(pDEGs)中筛选出LINC02047、LINC01124、LINC00582和LINC02478,预测差异lncRNA的下游靶miRNA有hsa-mir-132-3p、hsa-mir-1254、hsa-mir-3612、hsa-mir-4640-5p、hsa-mir-4690-3p和hsa-mir-4786-3p,然后预测靶miRNA的下游mRNA并构建AD的lncRNA-miRNA-mRNA调节网络.结论 LINC02047、LINC01124和LINC02478通过对miR-4060、miR-4090、miR-4786、miR-3612、miR-1254和miR-132的调控影响AD的发生发展.

关键词：阿尔茨海默病;内源竞争RNA;长链非编码RNA;生物信息学

所属期刊栏目：51

分类号：R749(神经病学与精神病学)

资助基金：辽宁省大学生创新创业基金S202010159033

在线出版日期：2022-03-16（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：169-173