10.3969/j.issn.1008-0589.202110010
猪繁殖与呼吸综合征病毒RFLP 1-4-4 L1C株的分离鉴定及其遗传演化分析
猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)RFLP 1-4-4lineage1C(L1C)变异株自2020年在美国出现以来,给养猪业造成了严重的经济损失.我国目前尚无RFLP1-4-4L1C变异株的报道.为了解我国PRRSVRFLP 1-4-4株的流行情况,本研究对我国15个省219份疑似PRRSV感染的临床样品进行了 PRRSV ORF5基因的RT-PCR检测与测序.结果显示,41份(18.72％)为PRRSV阳性样品,其中有1份来自黑龙江省样品中的PRRSV ORF5基因为1-4-4模式.将该样品经PAM分离病毒并经PCR和间接免疫荧光试验鉴定,结果显示分离到一株RFLP模式为1-4-4的PRRSV,命名为HLJ-80.采用PCR对分离病毒的全基因组分段扩增并测序拼接后显示其基因组全长15 013 nt,利用MegAlign软件分析分离病毒与PRRSV 6株代表株的全基因组序列、ORF基因序列的同源性及其NSP2的氨基酸序列;利用MEGA6.0软件分析分离株ORF5基因序列并绘制其系统发生树(ML法);采用RDP4分析分离株全基因组序列的重组事件.全基因组序列的同源性分析结果显示,HLJ-80株与NADC30株的同源性最高,为93.3％,与其他代表株的同源性均低于90％.除ORF2基因外,其余基因序列均与NADC30株同源性最高(90.6％～99.3％).ORF5基因的遗传进化树显示,HLJ-80株属于RFLP 1-4-4 L1C株.NSP2氨基酸序列分析结果显示,与VR-2332株相比,HLJ-80株NSP2存在131个氨基酸(111+1+19)的不连续缺失,缺失位置与NADC30株一致.上述结果表明,HLJ-80株与NADC30株的亲缘关系较近.重组分析结果显示,HLJ-80株有可能与PRRSV 2014-81株、SD53-1603株高度同源的病毒株重组而来.将本研究中的41株分离株ORF5基因序列,及GenBank中1996年～2021年我国3 125条共计3 166条北美洲型PRRSV ORF5基因序列,按照PRRSV RFLP 1-4-4模式和L1C分支谱系分类,并分析我国RFLP 1-4-4 L1C株在时间和地理上的分布;将2016年～2021年GenBank中7个国家全部北美洲型PRRSV ORF5基因序列(共计1 918条),按照PRRSV RFLP分类,分析2016年以来我国与不同国家之间PRRSV RFLP的模式特点.结果显示,我国PRRSV RFLP 1-4-4自2003年首次出现,至今已累计达260株(8.2％),其中217株属于L1C分支(83.46％),其余为L8和L1A分支.PRRSV的RFLP分类结果显示,1 918条PRRSV ORF5基因共有36种RFLP模式.其中RFLP 1-7-4模式的数量最多占25.96％,RFLP 1-4-4分布最广泛,除越南和印度外,该模式在其余5个国家均有分布,其在我国的数量最多.本研究为了解我国PRRSV RFLP 1-4-4株的流行情况提供了重要参考数据.
猪繁殖与呼吸综合征病毒、限制性酶切片段长度多态性、分支谱系、RFLP 1-4-4 L1C
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S852.65(动物医学（兽医学）)
国家自然科学基金;国家自然科学基金;兽医生物技术国家重点实验室开放课题
2022-08-26（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
共9页
583-590,597
