基于RAD重测序技术开发烟草品种SNP位点

摘要：

利用限制性内切酶位点标签(RAD)技术,通过对10份供试烟草材料的基因组简化重测序,发掘了烟草高通量SNP位点,为烟草基因组学提供标记信息.结果表明,本研究共获得了44.33 Gb的Clean data数据,平均覆盖度1.01 X,共鉴定到291 770个SNP位点,SNP位点间的平均间距为10.066±29.801 kb.发掘到的SNP位点能够覆盖整个基因组,但在不同染色体部位上的分布密度存在一定差异,在17号染色上半臂的存在一段大范围的SNP密集区域.SNP变异类型以转换为主,通过功能注释在基因区域发现45 049处SNP位点.利用SNP分型信息,计算了供试品种间的遗传距离,平均为0.29,台烟8号的遗传背景与其他品种相对最远.该结果将为烟草QTL定位、候选基因发掘、亲本组配等研究提供科研依据.

关键词：烟草、限制性内切酶位点标签、重测序、单核苷酸多态性

所属期刊栏目：39

分类号：S572.03

资助基金：中国烟草总公司重大专项"以K326为主要底盘品种的烟草全基因组模块构建"[110201601028 JY-02]、"烟草抗CMV和赤星病连锁分子标记开发及NC82、K326品种抗性改良"110201301009,JY-09;中国烟草总公司科技重点项目"烤烟抗主要病毒病TMV、CMV、PVY基础材料创制及育种利用"110201402006;中国农业科学院基本科研业务费专项"分子标记在烤烟品种DUS测试中的应用研究"1610232016014

在线出版日期：2018-08-15（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：10-17