基于RAD-seq数据开发烟草多态性SSR标记

摘要：

采用RAD-seq技术对两份烟草材料"118-3"和"粤烟98"进行简化基因组测序,分别获得45119346和50360738个高质量干净读长(HQ clean reads).通过序列分析,在22145个reads覆盖的参考基因组序列中共检测到25343个SSR位点,其中以二和三核苷酸重复基序最为丰富,占总SSR位点的71.59%;除单核苷酸类型外,SSR基序的重复次数主要集中在4~9之间.根据SSR位点两翼的序列,利用Primer 3.0成功设计出23346对SSR引物,引物设计的成功率为92.12%.依据测序数据初步发现这些SSR中有323个(1.38%)SSR在两份测序材料间具有多态性,随机选择其中50个SSR在4份烟草材料中进行验证,结果发现在两份测序材料间的多态率为76%,存在24%的假阳性;在另两份烟草材料中多态率为20%.研究结果表明,利用简化基因组测序技术能够开发大量SSR标记和发现样品间具有多态性的SSR标记,可为SSR标记的开发和应用提供基础.

关键词：烟草、RAD-seq、SSR标记、多态性

所属期刊栏目：39

分类号：S572.03

资助基金：广东省烟草专卖局公司科技计划项目"烟草抗青枯病育种及分子标记辅助选择研究"201403;"优良烤烟品种系的青枯病抗性定向改良研究"201702;中国烟草总公司科技计划面上项目"烟草SSR标记的开发与青枯病抗性材料的鉴定筛选"{2011[151]19}

在线出版日期：2018-04-03（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：1-9