普通烟草SBP转录因子家族的全基因组鉴定及其进化和表达分析

摘要：

SBP转录因子家族作为植物特异性的转录因子具有重要的生物学功能，广泛参与花和果实发育等诸多生命过程。利用普通烟草（Nicotiana tabacum）TN90基因组数据，通过隐马尔科夫模型检索，SMART和Pfam分析，鉴定了普通烟草SBP转录因子家族成员；通过多序列比对鉴定并分析了普通烟草 SBP 结构域的结构特征；通过邻接法、极大似然法进行了系统发育分析；分别利用 GSDS 和 MEME 对 SBP 转录因子家族成员的基因结构和蛋白保守结构域进行了分析；利用普通烟草TN90转录组数据分析了SBP转录因子家族成员在不同组织和时期的表达情况，并对鉴定出的SBP转录因子家族成员进行了GO注释分析。结果表明，普通烟草基因组编码32个SBP转录因子家族成员，氨基酸序列长度差异较大；系统发育分析表明，所有的SBP转录因子家族成员可分为8个亚家族。转录组数据显示，SBP基因家族成员在不同组织和时期中表达迥异，但在花器官中均有较高的表达量。GO注释结果表明，该家族成员作为转录因子，在植物的生长发育、逆境响应等过程中发挥作用。本研究为烟草及其他植物中SBP转录因子家族基因的鉴定和功能研究提供了基础。

关键词：生物信息学分析、SBP转录因子家族、普通烟草

分类号：S572.01

资助基金：农业部948项目“高通量植物衰老基因克隆技术TASSEL-tagging系统的引进、创新及利用”2013-Z4

在线出版日期：2015-09-21（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共11页

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