基于 EST 序列的烟草 cSNP 发掘

摘要：

SNP 标记是一类应用广泛的第三代分子标记.从 GenBank 下载普通烟草 EST 序列共计317175条,用 CAP3软件对序列进行拼接.设定 SNP 位点的冗余度大于2,采用 AutoSNP 软件检测 cSNP.结合位点所在序列的文库和品种信息以及多个 SNP 位点的共分离分值来评价其可信度.结果表明,317175条普通烟草 EST 拼接成重叠群中15429个重叠群至少包含4个读长,鉴定出53477个冗余度大于2 的候选 SNP,烟草中出现 SNP 的频率为0.34%.其中 SNP 的转换率大于颠换,插入/删除表现出 A/T 偏好.这些高质量 SNP 标记的发掘为开展烟草基因功能研究和分子育种奠定了良好的基础.

关键词：单核苷酸多态性、序列表达标签、单体型、烟草

分类号：S572.01

在线出版日期：2013-01-29（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：61-65