Ion Torrent PGMTM平台在儿童遗传性疾病诊断中应用初探

摘要：

目的 在PCR产物定量混合构建文库方法的基础上,探讨Ion Torrent PGMTM平台二代测序应用于儿科常见遗传性疾病诊断的价值.方法 采集临床诊断的2例肌营养不良、1例胆汁酸合成障碍和1例甲基丙二酸血症患儿的外周血,提取基因组DNA,分别针对DMD基因、HSD3B7 基因、AMACR基因及MUT基因采用PCR反应进行编码区扩增,扩增产物定量混合制备成文库,在PGM上完成测序.使用NextGENe软件进行数据分析.同时采用Sanger测序方法,对上述基因进行全基因测序;肌营养不良病例采用多重连接探针扩增(MLPA )进行基因外显子拷贝数变异的检测.结果 例1 肌营养不良患儿DMD基因检测到6个变异,其中c.998C>A,p.333S>X为已知致病突变位点,4个为SNP(rs228406、rs1801187、rs1801188、rs1800280).PGM检测到1个假阳性,为6个连续的T后面插入了1个T.例2 肌营养不良患儿检测到DMD基因 g.2788933943-2790543577共5个外显子的缺失,MLPA检测结果与二代测序结果相符合.例3 胆汁酸合成障碍患儿HSD3B7 基因和AMACR基因共检测到7个变异,其中HSD3B7 基因复合杂合突变c.45-46delAG,FS;c.262G>G/C,p.88G>RG,5个为SNP(rs9938550、rs3195676、rs10941112、rs2278008、rs2287939).例4 甲基丙二酸血症患儿MUT基因检测到3个变异,1个为已知致病突变位点杂合突变c.728-729het-insTT,FS;2个为SNP( rs2229384、rs8589).PGM检测到2个假阳性.结论 基于PGMTM平台、采用PCR产物定量混合构建文库测序的方法,具有低成本、高通量、高灵敏度以及可灵活设计的特点,适合用于儿科临床常见遗传性疾病的检测.但由于二代测序技术可能带来的假阳性,对于检测到的变异需要Sanger直接测序法进一步验证.

关键词：二代测序、Ion Torrent PGMTM平台、遗传性疾病、儿童

所属期刊栏目：8

分类号：TP3;X87

资助基金：国家重点基础研究发展计划资助:2009CB941704

在线出版日期：2013-07-29（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：210-215