亚洲人群肝细胞癌mRNA-miRNA表达谱整合分析挖掘疾病治疗靶点

摘要：

目的 通过整合数据库分析筛选出与亚洲人肝细胞癌(HCC)生存期相关微小RNA(miRNA),并探讨该miRNA潜在的生物学调控网络.方法 利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库获取亚洲人群HCC癌组织编码基因(mRNA)和miRNA表达量数据集,采用perl语言和R语言对数据进行提取、整理和分析,利用加权基因共表达网络(WGCNA)获取miRNA的共表达基因,并对筛选得到的差异表达miRNA进行Kaplan-Meier生存分析,筛选出对总生存时间存在影响的miRNA.通过与WGCNA筛选得到的共表达基因和miRNA靶基因预测数据库miRPathDB结合探寻其潜在靶基因,并通过metascape网站进行功能预测.结果 通过TCGA共下载到6例正常、126例HCC癌组织的mRNA表达量数据集和6例正常、166例HCC癌组织的miRNA表达量数据集,通过生物信息学分析筛选出hsa-mir-139-5p差异表达具有显著意义,且对HCC总生存期有显著影响,通过预测其靶基因,发现其与脂质代谢、碳代谢等代谢通路相关.结论 hsamir-139-5p可作为潜在的HCC治疗靶点,但需要后续实验验证.利用生物信息学手段筛选生物标志物或治疗靶标,是一种高效而经济的研究方式.

关键词：癌、肝细胞、微RNAs、数据挖掘

所属期刊栏目：39

分类号：R979.1(药品)

资助基金：国家临床重点专科建设项目;国家自然科学基金;公益性科研院所基本科研业务费专项;四川省医学科学院;青年人才项目;四川省卫生与计划生育委员会普通项目

在线出版日期：2020-05-07（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：120-124