结膜吸吮线虫基因组序列特征研究
目的 阐明结膜吸吮线虫(Thelazia callipaeda)基因组的序列特征.方法 采用GeneMark、GeneID和GeMoMa软件对结膜吸吮线虫基因组组装数据进行从头预测及同源预测,利用EVM软件对预测结果进行整合,以预测其基因组全部基因;将得到的基因序列分别在公共数据库及3个专有数据库(CAZyme、TCDB和PHI)中进行注释.结果 对结膜吸吮线虫基因组(79.34 Mb)的Scaffolds和Contigs基因结构进行分析,共得到了6 333个基因;通过公共数据库中BLAST比对,发现97.85％的基因可以得到注释,其中NR数据库中注释的基因最多(98.69％),可以富集到KEGG途径的基因最少(50.50％).通过KOG数据库分析功能基因,共发现4 517个功能基因.在3个专有数据库(CAZyme、TCDB和PHI)中比对,分别注释得到136、139个和1 498个基因,其中PHI数据库中注释基因数目最多(1 498).此外,还通过细胞色素酶的专有数据库预测到了238个细胞色素P450基因.结论 本研究初步揭示了结膜吸吮线虫基因组结构特征和注释信息,共得到了6 333个基因.
结膜吸吮线虫、基因组、序列分析、功能基因、细胞色素P450
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R383.19(医学寄生虫学)
国家自然科学基金81560336、81760373;贵州省科技厅科技基金黔科合基础[2016]1168;贵州省教育厅创新团队黔合教人才团队字[2014]39号;遵义医学院博士启动基金F-795
2018-08-13（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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