10.19556/j.0258-7033.20230510-01
基于SNP芯片分析邓川牛保种群体的遗传结构
为评价邓川牛保种个体之间的遗传结构,有效保护和利用纯种邓川牛种质资源,本研究使用牛 100K SNP芯片对 100 头邓川牛(46 头公牛和 54 头母牛)保种个体进行了单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)测定,通过Plink(V1.90)、GCTA(V1.94)、Mega X(V10.0)和R等软件对邓川牛遗传多样性、亲缘关系、近交程度及家系结构进行分析.结果表明,100 头邓川牛保种群体的有效群体含量、平均最小等位基因频率、平均多态信息含量分别为 2.6、0.221±0.145、0.244±0.117;邓川牛保种群体的平均观察杂合度、平均期望杂合度分别为 0.313±0.147、0.321±0.145.群体平均遗传距离为 0.2638±0.0244,46头公牛的平均遗传距离为 0.2648±0.0219;状态同源(Identity by State,IBS)距离矩阵与基因组亲缘关系矩阵(G矩阵)分析结果均表明,邓川牛保种群大多数个体之间具有中等程度的亲缘关系.100 头邓川牛个体共检测到 3999 个连续性纯合片段(Runs of Homozygosity,ROH),单个ROH长度集中在(1～5)Mb,占比87.02%,平均长度为(3.79±6.86)Mb,个体ROH平均总长度为(151.47±177.20)Mb.基于ROH的平均近交系数为 0.046±0.054,其中 46 头公牛平均近交系数为 0.049±0.051,说明邓川牛保种群具有较低水平的近交.聚类分析结果表明,邓川牛保种群体目前可分为 16 个家系,其中家系 5～12 和家系 16 中公牛数量仅有 1 头.综上所述,邓川牛保种群体多态性处于偏低水平,呈中等程度的亲缘关系,少数个体间出现近交,总体上整个种群近交水平较低,需加以维持,同时需引入纯种血缘,扩大核心群,以确保邓川牛种质资源的长期保存.
邓川牛、SNP 芯片、遗传多样性、亲缘关系、家系结构
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S823.2(家畜)
云南省地方本科高校基础研究联合专项面上项目;大理大学博士科研启动基金项目;云南省三区科技人才
2023-11-23（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
共9页
175-183
