10.19556/j.0258-7033.20220711-05
撒坝猪与大白猪背脂差异circRNA筛选与调控网络分析
为探究撒坝猪背脂中circRNAs的表达模式与背脂沉积的关系,本研究采用RNA-seq和生物信息学方法筛选撒坝猪和大白猪背部皮下脂肪组织差异表达circRNA,使用MiRanda预测circRNA与miRNA的靶向关系,TargetScan和miRDB预测miRNA的靶基因,对靶基因进行GO和KEGG富集分析,构建与脂质代谢相关的circRNA-miRNA-mRNA互作网络.结果显示:以|log2fold change|≥1 且Padj＜0.05 筛选到 27 个差异表达circRNA,在撒坝猪中上调 7 个,下调 20 个;GO和KEGG富集分析显示,靶基因主要富集在PI3K-Akt信号通路等与脂质代谢相关的过程;circRNA-miRNA-mRNA互作网络显示,novel_circ_0003253 上调,靶向miR-148a-3p和miR-182 下调,靶基因ROCK1和SNAP23表达上调,促进脂肪生成相关基因表达,可能导致脂肪沉积速率增加,脂肪生成增多,脂滴和脂肪细胞直径增大;novel_circ_0002314下调,靶向miR-29b上调,靶基因SPARC下调,可能促进皮下脂肪细胞增殖.随机挑选了novel_circ_0003253 和novel_circ_0014367 进行qRT-PCR验证,定量验证结果与转录组测序结果一致.综上,本研究利用RNA-seq技术筛选到 2 个撒坝猪与大白猪背脂差异circRNA,为解析地方猪种脂肪沉积的调控机制、撒坝猪的遗传改良提供了参考信息.
撒坝猪、背脂、脂质代谢、circRNA、调控网络
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S828.2(家畜)
云南省产业技术领军人才专项;云南省高校科技创新团队云南省高校高原山地畜禽抗逆性基因发掘与利用科技创新团队2020TD05
2023-05-25（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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