猪50K液相芯片基因组选择效果分析

摘要：

本研究收集了1267头大白猪的生长性能测定记录和800头大白猪的繁殖记录,并用猪50K固相芯片(Geneseek)及基于靶向捕获测序技术的猪50K液相芯片(液相50K)进行基因型分型,比较2款芯片基因组选择的准确性.采用一步法模型,估计达百公斤体重日龄、百公斤活体背膘厚和总产仔数3个性状的基因组育种值.本研究探究不同参考群体规模对基因组选择的影响,生长性状设置500和10002个参考群体规模,繁殖性状设置400和7002个参考群体规模.结果表明,液相50K与Geneseek芯片具有很好的兼容性,液相50K在2个生长性状的基因组选择准确性比Geneseek平均高出1.7％,对总产仔数的基因组选择准确性略高于Geneseek,但提升幅度较小.2款芯片的并集使标记数增加到62039个SNP,基因组选择准确性比单款芯片平均提升2.9％.无论是单款芯片还是2款芯片并集,随着参考群体规模扩大,基因组选择准确性明显上升.本研究表明液相芯片技术能够用于基因组选择且有优势,研究结果可为我国猪分子育种提供参考.

关键词：猪、液相芯片、基因组选择

所属期刊栏目：58

分类号：S828.2(家畜)

资助基金：现代农业产业技术体系;河北省重点研发计划项目;国家重点研发计划

在线出版日期：2022-08-22（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：82-86