基于RNA-seq筛选白藜芦醇致猪卵巢颗粒细胞凋亡的可变剪接基因

摘要：

本研究旨在探究参与白藜芦醇(Resveratrol,RES)诱导猪卵巢颗粒细胞(Porcine Ovarian Granulosa Cells,pGCs)凋亡的可变剪接基因.实验以50、100μmol/L RES处理pGCs,并设置空白对照,利用转录组测序(RNA-seq)技术分析3组之间差异可变剪接基因的表达谱,对差异可变剪接基因进行GO和KEGG富集分析,通过qRT-PCR验证RNA-seq数据.结果表明,与对照组相比,低浓度组有198种基因参与了236个可变剪接事件,高浓度组有603种基因发生了779个可变剪接事件.在log2|FoldChange|>1、P<0.05条件下,分别在低浓度组筛选到6个、高浓度组筛选到35个差异可变剪接基因.GO分析显示,差异可变剪接基因主要参与生物学过程条目.KEGG分析发现,显著富集的通路均与激素分泌及代谢途径相关,如卵巢类固醇生成信号通路、氨基酸代谢相关信号通路等.进一步从中筛选出可能参与RES诱导pGCs凋亡的关键基因(AKR1C1、GLUL、SARDH、MADD基因).综上,RES通过影响pGCs中基因的可变剪接,从而影响相关信号通路和生物学功能;同时,筛选出的关键基因可作为进一步研究RES调控pGCs凋亡机制的候选靶标.

关键词：白藜芦醇、颗粒细胞、转录组测序、可变剪接、猪

所属期刊栏目：58

分类号：S828.2(家畜)

资助基金：国家自然科学基金;安徽省高校协同创新项目;安徽省地方猪新品种系培育;创新利用联合攻关项目;国家重点研发计划

在线出版日期：2022-08-22（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：36-44