基于50K SNP芯片技术对金华猪和嵊县花猪繁殖性状的全基因组关联分析

摘要：

本实验旨在利用全基因组关联分析(GWAS)搜寻与金华猪、嵊县花猪总产仔数(TNB)和产活仔数(NBA)相关的候选基因.选择205头金华猪和174头嵊县花猪为实验材料,通过提取血样DNA并利用Illumina猪50K SNP芯片进行基因型分型,利用PLINK v1.09对获得的基因型数据进行质控后用于GWAS研究.采用GEMMA软件中的混合线性模型(MLM)对每个SNP与性状做关联分析,定位出显著位点.结果表明:金华猪的20个SNPs呈基因组水平或染色体水平显著;嵊县花猪的2个SNPs呈基因组水平或染色体水平显著;META分析得到21个SNPs呈基因组水平或染色体水平显著.最终找到22个候选基因,根据基因功能注释推测NANOS1、E2F7、AEBP2是最可能影响总产仔数和产活仔数的候选基因.

关键词：全基因组关联分析(GWAS)、繁殖性状、单核苷酸多态性(SNP)、金华猪、嵊县花猪

所属期刊栏目：56

分类号：S828.2(家畜)

资助基金：浙江省农业畜禽新品种选育重大科技专项2016 C02054-1

在线出版日期：2020-07-21（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：52-58