10.19556/j.0258-7033.2018-07-035
浙江省3个地方猪种繁殖性状的全基因组关联分析
本研究使用全基因组关联分析(GWAS)技术对嵊县花猪(SXHZ)、金华猪(JHZ)和淳安花猪(CAHZ)繁殖性状关联性强的SNP位点进行定位,寻找可能影响这些性状的基因.采集SXHZ 114头、JHZ 185头和CAHZ 31头血样制成干血斑样本,提取DNA将质检合格的样品用Illumina平台的GGP Porcine50K SNP芯片作基因型判定.繁殖性状数据来自各取样猪场.对SNP标记和样本进行质控,筛选合适数据作GWAS分析,定位出显著位点,在Ensembl和NCBI上寻找候选基因.结果表明:SXHZ独立GWAS有160个SNPs呈FDR校正水平显著;JHZ独立GWAS有124个SNPs呈FDR校正水平显著;经过META分析得到337个SNPs呈FDR校正水平显著,16个SNPs呈Bonferroni校正染色体水平显著;CAHZ的独立GWAS由于样本量小,初步分析的结果可靠性不高.初步筛选出SXHZ的候选基因为SEMA4D、EYA4、ZC3H 12D、BANP、DIP2B和TUSC3;JHZ的候选基因为SPINK14、GRIP1和PPP3CA;META分析得出候选基因PA CSIN2、ATP8A2、ZNF32、CTNNA2和FAT1,为进一步筛选繁殖性状的主效基因提供基础和参考.
繁殖性状、GWAS、META分析、FDR校正、Bonferroni校正、候选基因
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S828.2(家畜)
浙江省农业畜禽新品种选育重大科技专项2016C02054-1
2018-08-27（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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