鲤环指蛋白145基因克隆、生物信息学及功能分析

摘要：

[目的]试验旨在克隆鲤(Cyprinus carpio)环指蛋白145(ring finger protein145,RNF145)基因CDS区,并对其进行生物信息学分析及功能初探.[方法]对鲤RNF145基因进行了克隆并测序,通过在线软件对鲤RNF145蛋白进行生物信息学分析;采用实时荧光定量PCR分析鲤RNF145基因在不同发育阶段、不同组织中及在鲤春病毒血症病毒(Spring Viremia of Carp virus,SVCV)和Poly(I∶C)刺激下的mRNA表达变化.[结果]鲤RNF145基因CDS序列全长2 049 bp,编码682个氨基酸,其氨基酸序列与鲫相似性最高;鲤RNF145蛋白分子质量为76.56 ku,理论等电点为6.16,脂肪系数为115.32％,不稳定指数为41.87,无信号肽,含有11个跨膜螺旋,属跨膜蛋白;亚细胞定位预测结果显示,其定位于细胞质膜(87％)和内质网(13％);该蛋白含有TRC8-N、RING H2_RNF145和RAD18结构域,具有α-螺旋(56.45％)、延伸链(9.68％)、β-转角(2.35％)及无规则卷曲(31.52％),与MFN2、NUGGC.1、ASZ1和TRIM36相互作用的置信度较高.早期发育阶段鲤RNF145基因mRNA表达呈先显著下降后上升,再显著下降趋势(P＜0.05);组织表达谱分析表明,其在脾脏中表达量最高,在肝脏中表达量最低;SVCV1(5.6×107 TCID50/mL)在体感染24 h后,RNF145基因在肌肉、脾脏、头肾、心脏中表达量均显著升高,在肝脏中则显著下降(P＜0.05);该剂量感染鲤上皮瘤细胞(Epithelioma papulosum crprini,EPC)时,RNF145基因表达量在12 h时开始显著升高,于48 h时仍显著高于对照组(P＜0.05);SVCV2(5.6×104 TCID50/mL)感染EPC时,鲤RNF145基因mRNA表达量在感染后24 h时显著高于对照组,48 h后显著低于对照组(P＜0.05).与SVCV1刺激结果不同,在体注射Poly(I∶C)(1 000 μg/mL)24 h后,该基因在脾脏和头肾中表达量均显著低于对照组(P＜0.05);Poly(I∶C)(10 μg/mL)感染EPC时,鲤RNF145基因mRNA表达量在感染后24 h时显著高于对照组,48 h后显著低于对照组(P＜0.05).[结论]本试验成功克隆了鲤RNF145基因的CDS全长序列,揭示了其在不同组织、早期不同发育阶段及SVCV和Poly(I∶C)刺激下的表达变化,为进一步研究该基因功能提供了前期基础.

关键词：鲤、RNF145基因、克隆、生物信息学、鲤春病毒血症病毒、Poly(I∶C)

所属期刊栏目：50

分类号：S917.4(水产基础科学)

资助基金：国家自然科学基金;河南省科技研发计划;河南省高等学校重点科研项目

在线出版日期：2023-11-10（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共14页

页码：3882-3895